Vrativši se u domovinu obavljao je razne odgovorne crkvene službe. U Kaštel Sućurcu bio je kapelan, a potom župnik. U Splitu je djelovao kao upravitelj nadbiskupskih dobara te kao župnik i nastavnik. Godine 1673. u Splitu je izabran za kanonika, a kasnije je imenovan apostolskim vikarom Kotorske i Skradinske biskupije te administratorom Skradinske i Makarske biskupije.
Svu svoju imovinu i imovinu svoje obitelji utrošio je za pomoć siromasima te za osnutak kongregacije oratorijanaca i izgradnju crkve sv. Filipa Nerija u Splitu. Upravljao je Oratorijem sv. Filipa Nerija zbog čega se odrekao kanonikata te prešao u Oratorij i živio redovničkim životom. Za vrijeme Morejskoga rata vršio je službu vojnog kapelana, ali je 1689. ponovo izabran za kanonika. Bio je i apostolski misionar u krajevima Splitske nadbiskupije koji su bili pod Turcima, te je dobio patronat za sve biskupije obnovljene u Mletačkoj republici nakon oslobađanja od Turaka.
Biskupstvo
Za biskupa je bio posvećen 1699. te odlazi u Makarsku gdje je bio ustoličen u franjevačkoj crkvi. Razvio je mnogovrstan rad na duhovnom polju. Osnivao je bratovštine i posebnu brigu posvetio kršćanskoj pouci puka i katehizaciji.
U biskupiju je doveo misionare Družbe Isusove. Mnogo je vremena posvećivao ispovijedanju vjernika. Pastoralne pohode isprva je vršio samo na mletačkom teritoriju, a 1706. prvi put je pohodio i tursko područje.
Uspostavljao je veoma prisne odnose s turskim stanovništvom i njihovim zapovjednicima te je tako mogao posjećivati svoje vjernike.
Uz pastoralnu djelatnost vrlo je aktivno djelovao na socijalnom, kulturnom i odgojno-obrazovnom području. Biskup Bijanković bavio se i književnim radom te bio član Ilirske akademije. Umro je u Makarskoj, 10. kolovoza 1730. godine, te je pokopan u tamošnjoj katedrali.