Pothvati za širenje i obranu katoličke vjere
Godine 1896. postaje krčkim biskupom. Kao dobar organizator i pastoralni djelatnik odmah započinje s osnivanjem vjerskih društava te s aktivnostima vezanim uz katoličko izdavaštvo – osniva u Krku tiskaru Kurykta, pokreće biskupijski službeni list Acta curiae Episcopalis Veglensis, dvotjedni gospodarsko - poučni list Pučki prijatelj, list hrvatsko-slovenskih svećenika klanjalaca Sanctissima Eucharistia. Mahnićev najvažniji angažman uvijek je bilo okupljanje i odgajanje mladeži. Šalje 1902. svećenka I. Butkovića u Beč s nakanom da organizira naše katoličke studente te osniva prvo hrvatsko katoličko akademsko društvo za hrvatske studente. Godine 1903. pokreće reviju Hrvatska straža za kršćansku prosvjetu, a 1905. studentsko glasilo Luč. U Zagrebu je 1906. bilo osnovano Hrvatsko katoličko akademsko društvo Domagoj, a 1909. nastao je Hrvatski katolički đački savez. Godine 1908. osniva Pijevo društvo čiji je list bilo Jutro. S vremenom su se razne grupe katoličkih intelektualaca okupile oko toga tjednika i ujedinile u jedinstven pokret – Hrvatski katolički pokret.
Životni cilj biskupa Mahnića bio je širenje i obrana katoličke vjere i njezinih moralnih načela u javnosti i društvu koje je bilo prožeto rastućim liberalizmom i sekularizacijom. Nakon Prvoga svjetskog rata na prevaru je odveden u Italiju u zarobljeništvo odakle je oslobođen na izravnu intervenciju pape Benedikta XV. Teško bolestan umro je na glasu svetosti 14. prosinca 1920. u Zagrebu. Godine 2002. njegovi zemni ostaci preneseni su u krčku katedralu, odakle je ove godine pokrenut biskupijski postupak za njegovo proglašenje blaženim.